Monitoramento da qualidade da amostra para análise de RT-PCR da Covid-19 no LACEN-BA / Sample quality monitoring for Covid-19 RT-PCR analysis at LACEN-BA / Monitoreo de la calidad de la muestra para el análisis Covid-19 RT-PCR en LACEN-BA

A pandemia da Covid-19 tem se apresentado como um dos maiores desafios sanitários desse século. Em dezembro de 2019, na China, o agente etiológico foi identificado como um novo coronavírus, nomeado SARS-CoV-2. No Brasil, o primeiro caso confirmado da Covid-19 ocorreu em fevereiro de 2020 e, no mês seguinte, a Secretaria da Saúde do Estado da Bahia (Sesab) confirmou o primeiro caso na Bahia.O Laboratório Central de Saúde Pública Prof. Gonçalo Moniz (Lacen-BA) centralizou o diagnóstico laboratorial para confirmação dos casos suspeitos de Covid-19 dos 417 municípios baianos, utilizando a técnica de RT-PCR. Este estudo tem como objetivo identificar e analisar as não conformidades das amostras suspeitas de Covid-19 encaminhadas ao Lacen-BA. Trata-se de um estudo descritivo, cujos dados foram obtidos por meio de consulta aos relatórios de amostras e exames em desacordo, disponíveis no sistema Gerenciador de Ambiente Laboratorial (GAL), gerados mensalmente, no período de abril a outubro de 2020. Para garantir a qualidade das amostras recebidas, foram definidos critérios de aceitação/rejeição de amostras e criado o formulário de notificação de não conformidades, assegurando a rastreabilidade das amostras de Covid-19. Através de relatórios diários do sistema GAL, selecionou-se os nove principais motivos de não conformidades, sendo o mais frequente "requisição cancelada pela gerência do GAL devido à expiração do prazo de triagem", com 72,8% dos registros. A inserção da padronização de processos na etapa pré-analítica permite trabalhar com segurança, garantindo a qualidade da amostra a ser processada e, consequentemente, um resultado fidedigno, dentro do prazo acordado.

The Covid-19 pandemic is one of the greatest health challenges of this century. In December 2019, in China, the etiologic agent was identified as a new coronavirus, named SARS-CoV-2. In Brazil, the first case of Covid-19 was confirmed in February 2020 and, in the following month, the Department of Health of the State of Bahia (Sesab) confirms the first case in the state. The Central Public Health Laboratory Prof. Gonçalo Moniz (Lacen/BA) centralized the laboratory diagnosis to confirm the suspected cases of Covid-19 of the 417 municipalities of the state, using the RT-PCR technique. This study aims at identifying and analyzing the non-conformities of the suspected samples of Covid-19 sent to Lacen-BA. This is a descriptive study whose data were obtained by consulting there reports of samples and exams in disagreement, available in the Laboratory Environment Manager (GAL) system, generated monthly, from April to October,2020. To guarantee the quality of the samples received, acceptance / rejection criteria for the samples were defined and a form for the notification of non-conformities was created, ensuring the traceability of the Covid-19 samples. Daily reports from the Laboratory Environment Manager system based the selection of nine main reasons for non-conformities, among which "requisition canceled by the management of the GAL due to the expiration of the screening period" was present in 72.8% of the records. Process standardization, in the pre-analytical stage, allows working with security, guaranteeing the quality of the sample to be processed and a reliable result within the established period.

La pandemia del Covid-19 se ha presentado como uno de los desafíos de salud más grandes de este siglo. En diciembre de 2019, China identificó el agente etiológico del nuevo coronavirus llamado SARS-CoV-2. En Brasil, se notificó el primer caso del Covid-19 en febrero de 2020 y, al mes siguiente, la Secretaría de Salud del Estado de Bahía (Sesab) confirmaba el primer caso en Bahía. El Laboratorio Central de Salud Pública Prof. Gonçalo Moniz (Lacen/BA) centralizó el diagnóstico de laboratorio para confirmar los casos sospechosos del coronavirus de los 417 municipios de Bahía, mediante la técnica de RT-PCR. Este estudio tiene como objetivo identificar y analizar las no conformidades de las muestras sospechosas del Covid-19 enviadas al Lacen/BA. Este es un estudio descriptivo cuyos datos se obtuvieron consultando los informes de muestras y pruebas en desacuerdo disponibles en el sistema Laboratory Environment Manager (GAL), generados mensualmente, de abril a octubre/2020. Con el fin de garantizar la calidad de las muestras recibidas, se definieron criterios de aceptación/rechazo de las muestras y se elaboró un formulario para la notificación de no conformidades, asegurando la trazabilidad de las muestras. Por medio de informes diarios del sistema Laboratory Environment Manager, se seleccionaron nueve principales causas de no conformidades, de las cuales la más frecuente fue "requisición cancelada por la gerencia del GAL por vencimiento del período de cribado" con el 72,8% de los registros. La inserción de la estandarización de procesos en la etapa preanalítica permite trabajar con seguridad, garantizando la calidad de la muestra que procesar y, en consecuencia, un resultado confiable dentro del plazo acordado.

Nontuberculous mycobacteria in patients with suspected tuberculosis and the genetic diversity of Mycobacterium avium in the extreme south of Brazil / Micobactérias não tuberculosas em pacientes com suspeita de tuberculose e a diversidade genética de Mycobacterium avium no extremo sul do Brasil

ABSTRACT Objective: Nontuberculous mycobacteria (NTM) are a heterogeneous group of bacteria that are widely distributed in nature and associated with opportunistic infections in humans. The aims of this study were to identify NTM in patients with suspected tuberculosis who presented positive cultures and to evaluate the genetic diversity of strains identified as Mycobacterium avium. Methods: We studied pulmonary and extrapulmonary samples obtained from 1,248 patients. The samples that tested positive on culture and negative for the M. tuberculosis complex by molecular identification techniques were evaluated by detection of the hsp65 and rpoB genes and sequencing of conserved fragments of these genes. All strains identified as M. avium were genotyped using the eight-locus mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem-repeat method. Results: We found that NTM accounted for 25 (7.5%) of the 332 mycobacteria isolated. Of those 25, 18 (72%) were M. avium, 5 (20%) were M. abscessus, 1 (4%) was M. gastri, and 1 (4%) was M. kansasii. The 18 M. avium strains showed high diversity, only two strains being genetically related. Conclusions: These results highlight the need to consider the investigation of NTM in patients with suspected active tuberculosis who present with positive cultures, as well as to evaluate the genetic diversity of M. avium strains.

RESUMO Objetivo: As micobactérias não tuberculosas (MNT) são um grupo heterogêneo de bactérias amplamente distribuídas na natureza e relacionadas com infecções oportunistas em seres humanos. Os objetivos deste estudo foram identificar MNT em pacientes com suspeita de tuberculose e culturas positivas e avaliar a diversidade genética de cepas identificadas como Mycobacterium avium. Métodos: Foram estudadas amostras pulmonares e extrapulmonares provenientes de 1.248 pacientes. As amostras que apresentaram resultado positivo em cultura e negativo para o complexo M. tuberculosis na identificação molecular foram avaliadas por meio da detecção dos genes hsp65 e rpoB e de sequenciamento de fragmentos conservados desses genes. Todas as cepas identificadas como M. avium foram genotipadas pelo método mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem-repeat com oito loci. Resultados: Das 332 micobactérias isoladas, 25 (7,5%) eram MNT. Dessas 25, 18 (72%) eram M. avium, 5 (20%) eram M. abscessus, 1 (4%) era M. gastri e 1 (4%) era M. kansasii. As 18 cepas de M. avium apresentaram alta diversidade, e apenas duas eram geneticamente relacionadas. Conclusões: Esses resultados mostram a necessidade de considerar a investigação de MNT em pacientes com suspeita de tuberculose ativa e culturas positivas e de avaliar a diversidade genética de cepas de M. avium.

The effect of combined polymorphisms in chemokines and chemokine receptors on the clinical course of HIV-1 infection in a Brazilian population

Polymorphisms in genes that encode chemokines or their receptors can modulate susceptibility to human immunodeficiency virus (HIV) infection and disease progression. The objective of this study was to assess the frequency of polymorphisms CCR5-Δ32, CCR2-64I, CCR5-59029A and SDF1-3'A and their role in the course of HIV infection in a Southern Brazilian population. Clinical data were obtained from 249 patients for an average period of 6.4 years and genotypes were determined by standard polymerase chain reaction (PCR) and PCR-restriction fragment length polymorphism. Survival analyses were conducted for three outcomes: CD4+ T-cell counts below 200 cells/µL, acquired immune deficiency syndrome (AIDS) or death. The frequency of the polymorphisms CCR5-Δ32, CCR2-64I, CCR5-59029A and SDF1-3'A were 0.024, 0.113, 0.487 and 0.207, respectively. CCR5-Δ32 was associated with a reduction in the risk for CD4+ T-cell depletion and with an increased risk for death after AIDS diagnosis. CCR2-64I was associated with a reduction in the risk for developing AIDS. SDF1-3'A was also associated with decreased risk for AIDS, but its effect was only evident when CCR2-64I was present as well. These results highlight the possibility of using these markers as indicators for the prognosis of disease progression and provide evidence for the importance of analysing the effects of gene polymorphisms in a combined fashion.

Prevalência e fatores associados às manifestações bucais em pacientes HIV positivos atendidos em cidade sul-brasileira / Prevalence of oral lesions in persons with HIV and associated factors in a southern Brazilian city

O objetivo deste estudo foi avaliar a prevalência de lesões bucais entre pacientes HIV positivos e identificar fatores associados a tais lesões. Foi realizado estudo transversal que coletou dados mediante entrevista, exame clínico e consulta aos prontuários médicos de pacientes adultos atendidos no Serviço de HIV-AIDS do Hospital Universitário da Universidade Federal do Rio Grande, Rio Grande do Sul, Brasil, sendo considerados fatores sócio-demográficos, imunológicos e terapêuticos. Foi utilizada a regressão de Poisson num modelo hierárquico de análise. Entre abril de 2006 a janeiro de 2007 foram observados 300 pacientes, sendo 51 por cento do sexo masculino e média de idade de 40 anos; 39 por cento apresentaram lesões bucais, sendo a candidíase a mais freqüente (59,1 por cento), seguida de leucoplasia pilosa (19,5 por cento). As mulheres apresentaram um risco menor, com observância de uma associação inversa com o CD4. Houve um risco maior entre aqueles pacientes com menor escolaridade, menor renda, tabagistas, dependentes do álcool, com maior tempo de infecção pelo HIV e carga viral mais elevada. Os dados confirmaram a elevada prevalência das manifestações bucais oportunistas e evidenciaram a sua relação com a situação social, assim como sua relação com determinados hábitos e costumes passíveis de modificação.

The aim of the study was to assess the prevalence of oral lesions in AIDS patients and identify associated factors. A cross-sectional study collected data from interviews, clinical examination, and a review of medical records for adult patients treated at the HIV/AIDS clinic in the University Hospital of the Federal University in Rio Grande, Rio Grande do Sul State, Brazil, focusing on socio-demographic, immune status, and treatment factors. Poisson regression was used in a hierarchical analytical model. From April 2006 to January 2007, 300 patients were observed (51 percent males; mean age 40 years). Of the total, 39 percent presented oral lesions, with candidiasis as the most frequent (59.1 percent), followed by hairy leukoplakia (19.5 percent). Women showed a lower risk of oral lesions, and there was an inverse association with CD4 count. Increased risk was associated with lower schooling, low income, smoking, alcohol addiction, time since HIV seroconversion, and higher viral load. The data confirm the increased prevalence of opportunistic oral lesions and show their relationship to socioeconomic conditions and modifiable habits and customs.

Determinants of HIV-1 mother-to-child transmission in Southern Brazil

Diferentes subtipos do virus da imunodeficiência humana do tipo 1 (HIV-1) podem ter propriedades biológicas, imunológicas e patogênicas distintas. A eficiência da transmissão materno-infantil (TMI) pode estar entre estas propriedades, porém resultados escassos e controversos foram descritos até o momento. Neste estudo, 102 crianças nascidas de mães infectadas pelo HIV-1 entre 1998 e 2004 na cidade do Rio Grande, Brasil, foram analisadas para fatores de risco potenciais associados à TMI. Aquela região geográfica é caracterizada por uma alta proporção de indivíduos infectados pelo subtipo C do HIV-1, permitindo a comparação entre os subtipos B e C e sua influência na transmissão vertical do vírus. A análise também incluiu parâmetros clínicos, obstétricos e imunológicos. Análises de regressão multivariada foram conduzidas para avaliar a influência daqueles parâmetros na TMI, e as razões de prevalência (RP) e intervalos de confiança de 95% (IC95) foram também calculados. Um prevalência surpreendentemente alta do subtipo C acima dos 70% foi encontrada. Somente a carga viral do HIV e o uso de protocolo ACGT 076 maternos forma preditivos de TMI. O subtipo do HIV-1 e a contagem de células T CD4+ não foram associados a um risco aumentado de transmissão. Embora uma clara expansão do subtipo C seja evidente no sul do Brasil, esta não parece estar correlacionada com risco aumentado de transmissão vertical.

Prevalência e fatores associados à tuberculose em pacientes soropositivos para o vírus da imunodeficiência humana em centro de referência para tratamento da síndrome da imunodeficiência adquirida na região sul do Rio Grande do Sul / Prevalence of and factors related to tuberculosis in seropositive human immunodeficiency virus patients at a reference center for treatment of human immunodeficiency virus in the southern region of the state of Rio Grande do Sul, Brazil

OBJETIVO: Considerando a relevância da co-infecção vírus da imunodeficiência humana/tuberculose, este estudo foi desenvolvido para determinar a prevalência e os fatores associados à tuberculose em pacientes residentes em uma zona de alta prevalência das duas infecções. MÉTODOS: Todos os pacientes atendidos no ano de 1999 no Serviço HIV/AIDS do Hospital Universitário da Universidade Federal do Rio Grande foram avaliados retrospectivamente desde o momento do diagnóstico da presença do vírus da imunodeficiência humana, em relação à ocorrência de tuberculose e sua associação com fatores sociodemográficos, comportamentais e imunológicos. RESULTADOS: A amostra incluiu 204 pacientes e a prevalência encontrada de tuberculose foi de 27 por cento. A análise multivariada mostrou que existe uma associação significativa do desenvolvimento de tuberculose com a raça negra (razão de chance: 4,76; intervalo de confiança de 95 por cento: 1,93 -11,72) e uma relação inversa com a contagem de linfócitos TCD4+ no momento do diagnóstico do vírus da imunodeficiência humana (razão de chance: 0,995; intervalo de confiança de 95 por cento: 0,993-0,997). O sexo masculino (razão de chance: 2,49; intervalo de confiança de 95 por cento: 1,15-5,39) e o uso de drogas (razão de chance: 2,1; intervalo de confiança: 95 por cento de 1,02-4,31) podem também ser fatores de risco quando analisados separadamente. CONCLUSÃO: Os fatores responsáveis pelo desenvolvimento da tuberculose entre os pacientes soropositivos para o vírus da imunodeficiência humana incluem os aspectos imunitários e fatores socioeconômicos e demográficos. A alta taxa de tuberculose em pacientes soropositivos torna urgente implementar estratégias que combinem rápida identificação e tratamento dos casos, comunicantes e indivíduos com infecção latente.

Molecular epidemiology of HIV-1 in Rio Grande, RS, Brazil

We conducted a molecular epidemiological study to investigate HIV-1 strains in Rio Grande, southern Brazil, searching for an association with transmission mode and risk behavior. Patients (185) identified at an AIDS treatment reference Hospital, from 1994 to 1997, were included; from which 107 blood samples were obtained. Nested PCR was realized once for each sample; for amplified samples (69) HIV subtypes were classified using the heteroduplex mobility assay. Subtypes identified were B (75 percent), C (22 percent) and F (3 percent). All infections with C were diagnosed after 1994. Comparing patients with B and C, no differences were detected regarding demographic, clinical and laboratory characteristics; survival analysis did not reveal differences in HIV to AIDS evolution. A higher proportion of injecting drug users, IDU (not significant, p<.07) was found among those with C. This suggests that C may have been introduced in this area through IDU, and is being spread, probably by their sexual partners, to persons with other risk practices